Laut einer Analyse der Welternährungsorganisation gehört Kroatien zu den 30 wasserreichsten Staaten der Welt und nimmt den 3. Platz an erneuerbaren Wasserreserven pro Kopf und Jahr ein. Das Land Kroatien gehört zu den wenigen Staaten, bei denen die Wasserordnungspolitik streng organisiert ist. Schon im Jahre 1891 wurde ein Wasserrechtsgesetz des Königsreiches von Kroatien und Slawonien verabschiedet, das gesetzliche Regelungen für Gewässer, Flussbetten, die Küste, die Wassernutzung, die Regulierung von Wasserflüssen, den Flutschutz, den Wasserschutz, Wasserschutzvereinigungen und vieles mehr vorsieht. Nach einer Untersuchung des ADAC im Jahre 2006 ist die kroatische Adria der sauberste Teil des Mittelmeeres, was auch für die hohe Zahl von Touristen spricht. Wenn man die Lage des Umweltschutzes in seiner Gesamtheit betrachtet, belegt Kroatien weltweit einen sehr guten 19. Platz. Die vier größten Seen in Kroatien sind der Vransko jezero mit 30,7 km², der Dubravsko jezero mit 17,1 km², der Peruca-See mit 13,0 km² am Cetina-Fluss, kroat. Perucko jezero und der Prokljansko jezero mit 11,1 km². Die bekanntesten Seen sind jedoch die Plitvicer Seen, die einen Nationalpark im hügeligen Karstgebiet Kroatiens darstellen.
Die Mehrzahl der Flüsse in Kroatien mündet in das Schwarze Meer, die restlichen in die Adria. Die Flüsse im Norden Kroatiens weisen einen sehr hohen Verschmutzungsgrad auf, wie das z.B. bei der Save zwischen Zagreb und Sisak der Fall ist. Die längsten Flüsse Kroatiens sind die eben schon erwähnte Save mit 562 km, sowie die Drau mit 505 km. Diese Flüsse bilden zu sehr großen Teilen die Grenzen zu Bosnien und Herzegowina sowie zu Ungarn. Beide Flüsse fließen zur Donau, dabei ist die Save der wasserreichste und die Drau der viertwasserreichste Nebenfluss der Donau. Die Donau bildet die natürliche Grenze zwischen Kroatien und der serbischen Provinz Vojvodina. Der Anteil Kroatiens an der Donau ist 188 km lang, dabei grenzt Kroatien fast ausschließlich an die rechte Donauseite. Die Kulpa mit 268 km bildet zu einem Großteil die Grenze zu Slowenien, sie mündet in Sisak in die Save, welche ab dort mit Schiffen befahren werden kann. Weitere Flüsse sind die Korana, Krapina, Lonja, Mur sowie die Vuka. Die Flüsse aus den Dinariden in die Adria sind allesamt relativ kurz, nur die Neretva, die in Herzegowina entspringt, stellt einen bedeutenden Fluss in die Adria dar.
